Kongonaphon lần đầu tiên được báo cáo trong bản tóm tắt hội nghị năm 2019, mặc dù vào thời điểm đó nó chưa được đặt tên. [4] Nó được đặt tên và mô tả chính thức vào năm 2020. Tên chung bắt nguồn từ từ Kongona trong tiếng Malagasy (có nghĩa là "con bọ") và hậu tố tiếng Hy Lạp - phon (bắt nguồn từ một thuật ngữ có nghĩa là "kẻ giết người"). Tên cụ thể kely là từ tiếng Malagasy có nghĩa là "nhỏ". Cùng với nhau, Kongonaphon kely được dịch là "kẻ giết bọ nhỏ", theo kích thước nhỏ bé và thói quen ăn côn trùng tiềm tàng của nó.